12 октября 1991 года по инициативе главы администрации Чунского района А.Колодчук, было проведено собрание верующих в ДК «Победа», на котором было принято решение о выделение помещения для проведения богослужений.
26 ноября 1991 года Управляющий Иркутской епархией Владыка Вадим благословил открытие молитвенного дома на территории п. Чунский в честь Святителя Иннокентия, епископа Иркутского. Православному приходу было передано одноэтажное деревянное здание бывшего магазина. После обустройства молитвенного дома он был освящён 7 января 1992 года протоиереем Сергием Кузнецовым.
В 1996 году было принято решение о строительстве нового храма.
Каменный храм в честь святителя Иннокентия Иркутского строился в посёлке Чунский с перерывами 18 лет. Фундамент был заложен в 1997 году, а стены верхнего придела были возведены в 2009 году. В августе 2010 года состоялось освящение и установка колоколов (их десять, самый большой – весом в полтонны) и был осуществлен монтаж куполов, изготовленных на специализированном заводе в Челябинске. После этого строительство в силу целого ряда финансовых и организационных проблем замерло.
Строительные работы возобновились в 2014 году после визита в Чунский район епископа Алексия. Храм строился при поддержке администрации Чунского района и при участии предпринимателей и руководителей предприятий Чунского и Тайшетского районов, города Иркутска. Главным организатором строительства выступили Общественный совет «Помощи строительству храма Святителя Иннокентия» поселка Чунский во главе с Анной Владимировной Чудиновой и православный приход (староста Виктор Александрович Свешников).
16 августа 2015 года епископ Саянский и Нижнеудинский Алексий совершил чин великого освящения новопостроенного храма.